1988年，国务院批准湄洲岛对台胞开放。

1989年5月，台湾信众从海上直航湄洲朝圣，，开创1949年后两岸大型船队直航的先例。

1994年5月，莆田市首次举行妈祖文化旅游节，打响妈祖故乡独特的文化品牌。

1997年，湄洲妈祖金身成功巡游台湾岛102天，朝拜民众达1000多万人次，创就海峡两岸民间民俗交流史上一次影响最广泛、规模最大、意义最深远的活动。

2000年，湄洲岛管委会和妈祖祖庙重新挖掘整理完善妈祖祭典，使之再现磅礴气势和浓郁古风。

2001年1月，马祖岛进香团由两马直航（马祖一马尾）到湄洲妈祖庙谒祖进香。这是开放“小三通，，后,第一个团队循“小三通”渠道到内地。

2002年，湄洲妈祖金身从湄洲岛码头直航金门巡安，突破“小三通”局限。

2004年6月，莆田市组织了祖国内地近年来规模最大的妈祖文物赴台展出活动。

2004年10月31日，中华妈祖文化交流协会在湄洲岛成立。

2005年7月8日，莆田与金门实现两地货运首次直航。

2005年11月1日，首届湄洲妈祖•海峡论坛举行，两岸三地专家学者聚首湄洲岛畅谈“妈祖文化与两岸情缘”。

2006年1月，胡锦涛总书记强调，妈祖信仰等深深地扎根在台湾民众精神生活当中，福建要运用这些丰富资源，在促进两岸交流中更好地发挥作用。

2006年5月，湄洲妈祖祖庙被国务院定为全国重点文物保护单位，湄洲妈祖祭典被列入_家首批非物质文化遗产名录，成为“国宝”。

2007年5月，由中华妈祖文化交流协会、台湾妈祖联谊会等联合主办的首届莆台妈祖文化活动周在莆田隆重举行并获得圆满成功。

2008年2月，海上妈祖女神名列首届“福建十大名片”，成为福建人心目中的形象代表。

2008年4月，湄洲妈祖祖庙人岛与大甲镇澜宫联合举办“台湾妈祖文化论坛”。

2008年7月，湄洲岛接待两岸开放周末包机直航后第一个包乘航班的台湾妈祖信众。

2008年9月8日，由中央电视台举办的“海上明月共潮生——20D8年两岸四地迎中秋大型民族音乐会”在湄洲岛隆重举行。

2008年9月25日，妈祖信俗成为我国向联合国科教文组织推荐申报人类非物质文化遗产的34个项目之一。

2008年10月31日至11月2日，莆田首次举办“天下妈祖回娘家，，活动，18个国家和地区的300多家妈祖文化机构（宫庙）怀捧300多尊妈祖分灵神像集中“回娘家”寻根溯源、共祭妈祖，是有史以来台湾宫庙主要负责人来莆最多、最集中的一次。同期，以“妈祖”文化与申报“世遗，”为主题的第四届湄洲妈祖•海峡论坛在莆召开,全球妈祖信众通过不同形式支持妈祖信俗申遗。
2009年2月，湄洲岛成为祖国内地第一个与台湾本岛港口实现海上客运直航的口岸。

2009年5月15日，台湾妈祖信众从台中港直航湄洲岛朝拜活动，拉开了首届海峡论坛的序幕。

2009年9月30日，联合国教科文组织保护非物质文化遗产政府间委员会第四次会议审议表决，同意妈祖信俗列入世界人类非物质文化遗产名录。